События происходят спустя три года после истории, показанной в «Приключения Дигимонов 02». На этот раз героям предстоит столкнуться с типичными подростковыми трудностями. Взрослея, ребята начинают все меньше и меньше общаться друг с другом. Однажды, во время того, как у Таити должен пройти футбольный турнир, а у Ямото - музыкальный концерт, из Америки возвращается Мими.
Подростковые трудности усложняется тем, что в мир людей проникает Дигимон. Он совершает нападение на город. Таити подвергается атаке, но на помощь ему приходит его друг Агумон. Герои узнают, что Дигимоны в своём мире заразились. Но уцелевшие Дигимоны хотят спасти мир людей и свою цифровую реальность. Герои поддаются массовому страху. В это же время в городе появляется ребенок, который должен стать избранным. Главным героям предстоит вновь объединяться со своими друзьями Дигимонами, чтобы спасти Вселенные.
